EIOPA ima predsednika, ki ga potrdi Evropski parlament. Predsednik je odgovoren za pripravo dela Odbora nadzornikov (Board of Supervisors) in predseduje sestankom Odbora nadzornikov in Upravnega odbora (Management Board). Predsednik je imenovan za obdobje petih let z možnostjo ponovnega imenovanja. Predsednik EIOPAe je g. Gabriel Bernardino.
- Izvršni direktor (Executive Director)
Izvršnega direktorja imenuje Odbor nadzornikov za obdobje petih let z možnostjo ponovnega imenovanja. Njegova glavna naloga je organizacija poslovanja EIOPAe.
- Odbor nadzornikov (Board of Supervisors)
Odbor nadzornikov sestavljajo predstojniki oziroma direktorji nadzornih organov vseh držav članic EIOPAe. V skladu z Uredbo mora predstojnik oziroma direktor posameznih nadzornih organov držav članic EIOPAe prisostvovati Odboru nadzornikov najmanj dvakrat letno, na preostalih srečanjih pa ga lahko nadomešča njegov namestnik. Na sestankih Odbora nadzornikov so prisotni tudi predstavniki Evropske komisije, EBA, ESMA in ESRB (European Systemic Risk Board). Odbor nadzornikov sprejema vse odločitve EIOPAe.
- Upravni odbor (Management Board)
Upravni odbor sestavljajo šest izvoljenih predstavnikov Odbora nadzornikov, predstavnik Evropske komisije (brez glasovalne pravice), Predsednik in Izvršni direktor. Med pomembnejše naloga Upravnega odbora sodi odločanje o večletnem načrtu dela EIOPAe, proračunu EIOPAe ter kadrovskih zadevah. Upravni odbor sestavljajo predstojniki oziroma direktorji nadzornih institucij Avstrije, Nemčije, Francije, Slovenije, Danske in UK.